食科院现有创新平台18个，其中，2个国家级工程技术研究中心（国家大豆工程技术研究中心、国家乳业工程技术研究中心），2个国家级产业联盟（大豆产业技术创新战略联盟、乳业产业技术创新战略联盟），4个国家、部级公益职能研究机构（国家乳制品质量监督检验中心、食品企业质量安全检测技术示范中心、全国乳品标准化中心、全国乳品工业信息中心），2个国家级农产品加工技术研发专业分中心（大豆、乳品），1个科技部创新人才培养示范基地，2个农业农村部技术集成科研基地（大豆传统制品加工技术集成科研基地、干乳制品加工技术集成科研基地），2个省级技术集成及产业化示范平台（大豆、乳品），1个黑龙江省技术转移示范机构，2个博士后工作站（大豆、乳品）。