乳品加工技术研究中心是食科院立足黑龙江省需求、面向国家目标，解决乳品加工业发展中前瞻性、基础性、方向性、全局性、关键性技术问题的科研部门。其主要职能职责为：承担国家乳业工程技术研究中心运行支撑，解决我国乳品加工企业共性关键技术问题，加快科研成果转化，促进行业技术进步和核心竞争能力提高；负责国家乳业技术创新中心创建，强化主体功能的发挥；负责形成乳品及其相关食品综合加工基础理论与技术体系；构建乳品及相关食品研究创新团队；开展乳品及相关食品基础与应用研究，关键技术研究与产品创新；承揽、承接乳品加工企业委托应用开发项目。